۱. آسیب به کلیه‌ها و کبد
کلیه‌ها و کبد به عنوان دو اندام حیاتی در پاکسازی سموم از بدن عمل می‌کنند. مصرف نادرست مکمل‌ها، به‌ویژه در دوزهای بالا و بدون تجویز متخصص، می‌تواند فشار مضاعفی بر این اندام‌ها وارد کند. برخی مکمل‌ها دارای ترکیبات شیمیایی یا مواد افزودنی هستند که پردازش آن‌ها برای کبد و کلیه دشوار است. این وضعیت ممکن است منجر به التهاب، نارسایی یا حتی تخریب بافت‌های این اعضا شود. گزارش‌های متعددی از بیماران با مشکلات شدید کلیوی پس از مصرف مکمل‌های غیرمجاز وجود دارد. کبد نیز ممکن است در اثر تجمع مواد شیمیایی دچار آسیب مزمن شود. افراد با سابقه بیماری‌های کبدی یا کلیوی باید به شدت از مصرف سرخود مکمل‌ها اجتناب کنند. حتی مکمل‌های گیاهی نیز می‌توانند اثرات مخربی داشته باشند اگر بدون مشورت مصرف شوند.

۲. اختلالات هورمونی و مشکلات جنسی
برخی مکمل‌ها حاوی موادی هستند که به طور مستقیم بر تعادل هورمونی بدن تأثیر می‌گذارند. استفاده خودسرانه از مکمل‌هایی مانند تستوسترون یا پیش‌سازهای آن می‌تواند باعث اختلال در محور هیپوتالاموس-هیپوفیز-گناد شود. این اختلال ممکن است تولید طبیعی هورمون‌ها را متوقف کند و بدن را وابسته به منبع خارجی کند. در مردان، مصرف بلندمدت این مواد ممکن است به کاهش میل جنسی، کاهش کیفیت اسپرم و حتی ناباروری منجر شود. در زنان نیز می‌تواند باعث بی‌نظمی در چرخه قاعدگی و رشد موهای زائد گردد. همچنین اختلالات روحی همچون اضطراب و بی‌ثباتی خلق نیز ممکن است بروز کند. مصرف هورمون‌ها بدون نظارت پزشکی یک ریسک جدی برای سلامت جنسی و عمومی بدن است.

۳. افزایش ریسک بیماری‌های قلبی و عروقی
بسیاری از مکمل‌های انرژی‌زا یا چربی‌سوز با افزایش ضربان قلب و فشار خون همراه هستند. این تأثیرات در افراد سالم نیز می‌تواند خطرناک باشد، چه رسد به افرادی با سابقه بیماری‌های قلبی. مصرف نادرست این مکمل‌ها می‌تواند باعث بی‌نظمی در ضربان قلب (آریتمی) یا حتی حملات قلبی شود. برخی ترکیبات مانند افدرین که در گذشته در مکمل‌ها استفاده می‌شد، به دلیل افزایش ریسک مرگ ناگهانی از بازار جمع‌آوری شدند. همچنین افزایش سطح کلسترول و تری‌گلیسیرید در خون از دیگر پیامدهای منفی این نوع مکمل‌هاست. فشار مضاعف به سیستم گردش خون می‌تواند باعث ایجاد لخته و سکته شود. حتی مصرف کوتاه‌مدت برخی مکمل‌ها نیز برای سیستم قلبی مضر است.

۴. مشکلات گوارشی و آسیب به دستگاه هاضمه
مکمل‌ها می‌توانند باعث تحریک مخاط معده یا ایجاد زخم در سیستم گوارشی شوند. مصرف پودرهای پروتئینی یا مکمل‌های اسیدی بدون رعایت دوز مناسب ممکن است منجر به نفخ، اسهال یا یبوست گردد. برخی از آن‌ها باعث افزایش اسید معده شده و در نتیجه سوزش سر دل یا رفلاکس را تشدید می‌کنند. همچنین برخی مکمل‌ها حاوی شیرین‌کننده‌های مصنوعی‌اند که تحمل آن‌ها برای همه افراد آسان نیست. مشکلاتی مانند عدم تحمل لاکتوز یا حساسیت به گلوتن نیز می‌تواند با مصرف مکمل تشدید شود. اختلال در جذب مواد مغذی از روده، به‌ویژه در مصرف بلندمدت، دیگر پیامد مهم است. سالم بودن دستگاه گوارش برای جذب مؤثر مواد مغذی ضروری است.

۵. وابستگی روانی و اختلال در تصویر بدنی
برخی افراد با هدف دستیابی سریع به اندامی ایده‌آل، به مکمل‌ها وابسته می‌شوند. این وابستگی می‌تواند از جنبه روانی شدت یافته و موجب شود فرد احساس کند بدون مکمل نمی‌تواند پیشرفت کند. در نتیجه، اعتماد به نفس و انگیزه ورزش طبیعی کاهش می‌یابد. این وضعیت ممکن است به اختلالاتی مانند دیسمورفی عضلانی منجر شود؛ حالتی که فرد تصور می‌کند بدنش هنوز به اندازه کافی عضلانی نیست. استفاده افراطی از مکمل‌ها می‌تواند جای سبک زندگی سالم را بگیرد. همچنین فشار اجتماعی یا تبلیغات اغراق‌آمیز در فضای مجازی نقش مهمی در شکل‌گیری این وابستگی دارند. درمان این اختلالات اغلب نیازمند مشاوره روانشناسی است.